面源控制

面源控制主要是對城市初期雨水、冰雪融水、畜禽養殖污水、地表固體廢棄物等污染源的控制與治理。

控源截污是城市黑臭水體整治的核心和前提。

然而，很多截污納管設施的設置不合理、城市排水管網建設標準不一、管網錯接或混接、運行維護不到位等一系列問題，使得控源截污工程難以高效發揮其作用。

生物殘體及漂浮物清理

生物殘體及漂浮物清理主要用于城市水體水生植物和岸帶植物的季節性收割、季節性落葉及水面漂浮物的清理。

清淤疏浚

一般而言，清淤疏浚適用于所有黑臭水體，尤其是重度黑臭水體底泥污染物的清理。它可以快速降低黑臭水體的內源污染負荷，避免其他治理措施實施后，底泥污染物向水體釋放。

內源治理一定程度上可以遏制黑臭水體。

但是，城市水體沿岸垃圾存放歷史較長的地區，垃圾清運不徹底可能加速水體污染；季節性生物殘體和水面漂浮物清理的成本較高，監管和維護難度大；清淤工程任務繁重，耗資巨大，還需政府部門大力配合。

生態凈化

生態凈化是采用微生物技術，直接向黑臭河道投放適當的微生物菌劑或生物酶制劑。可廣泛應用于城市水體水質的長效保持，通過生態系統的恢復與系統構建，持續去除水體污染物，改善生態環境和景觀。

人工增氧

人工增氧通過曝氣的方式，防止厭氧分解，提高水體中有機污染的降解速度。所以可以作為階段性措施，保持整治后城市水體的水質，有效提升局部水體的溶解氧水平，并加大區域水體流動性。

生態修復只可以暫時緩解黑臭現象，卻不能從根本解決問題，可能還會帶來其他負面影響。

其中，岸帶修復工程量較大，工程垃圾處理處置成本較高，生態岸帶植物的收割和處理處置成本較高、維護量較大；應用生態凈化技術要以有效控制外源和內源污染物為前提，生態凈化措施還不得與水體的其他功能沖突，且生態凈化措施對嚴重污染河道的改善效果不顯著；人工增氧設施有可能影響水體行洪或其他功能，還需要持續運行維護，消耗電能。

活水循環是通過水利設施（如閘門、泵站）的調控引入污染河道上游或附近的清潔水源以改善河流的水動力學條件，增強水中污染物的擴散、凈化和輸出。

清水補給

清水補給是利用城市再生水、城市雨洪水、清潔地表水等作為城市水體的補充水源，增加水體流動性和環境容量。

就地處理

就地處理適用于短期內無法實現截污納管的污水排放口，以及無替換或補充水源的黑臭水體。采用物理、化學或生化處理方法，選用占地面積小，簡便易行，運行成本較低的裝置，快速去除水中的污染物，可用于突發性水體黑臭事件的應急處理。

旁路治理

旁路治理是在水體周邊區域設置適宜的處理設施，從污染最嚴重的區段抽取河水，經處理設施凈化后，排放至另一端，實現水體的凈化和循環流動。主要適用于無法實現全面截污的重度黑臭水體，或無外源補水的封閉水體的水質凈化，也可用于突發性水體黑臭事件的應急處理。

這些治理措施在一定程度上補充了水體黑臭的處理方式。

不過，活水循環工程實施難度大，需要持續運行維護；再生水補源往往需要鋪設管道；就地處理往往治標不治本且治理費用高昂，同時易對環境產生二次污染，難以長期持續應用；而旁路治理則需要費用支持和專業的運行維護，長期治理的話還需考慮與周邊景觀的有效融合。